午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾...

以原作13年后为时间线，“单身贵族” 建筑师桑野信介（阿部宽）依旧过着独自一人的公寓生活，期间虽然和早坂夏美交往，最终还是分手收场。进化到令和的不婚男，是否能遇到命运之人呢？...

八墓村因为战国时代村民设计杀害了8个落魄武士而得名，大正年间还发生过田治见家主人杀害了32个村民的惨剧。一日，一个叫寺田辰弥的年轻人回到八墓村打算继承田治见家的家业，然后悲剧开始接连不断地上演，与他身世相关的多人遇害。在金田一抽丝剥茧，探寻辰弥身世谜团的时候，村民认为是冤魂作祟将辰弥赶进了一个巨大的钟乳石洞，而洞内隐藏了更大的秘密……...