这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚　　过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭　　但人，神，魔三族共同战斗　　作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来　　接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半　　二千年以后，世界始终和平安宁　　不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它　　某一天　　一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙　　世界的均衡渐渐被打破...

故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。...

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