在经历了上一次的恐怖袭击之后，由于政府对CTU应对恐怖事件的解决方式不太满意，还是最终决定解散CTU。杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）也因使用酷刑等非法手段来防止恐怖袭击，而受到审查。原本以为自己终将在监狱里度过余生，却因死而复生的前同事托尼（卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰）的出现，彻底打乱了杰克现有的生活。托尼希望杰克能与他一起，共同调查又一次...
在神秘的南极冰层里，发掘出星际之门建造者遗弃的基地。星际之门亚特兰蒂斯小队应召执行一次冒险性最大的星际之门任务——前往遥远的天马星系。
亚特兰蒂斯小队遭遇古代人类文明的袭击...包括不断威胁人类生命无处不在的新敌人——The Wraith.
Elizabeth Weir博士是亚特兰蒂斯小队的队长，她是一个外交关系专家。她拥有出色的政治才能，但在军事上喜欢虚张声势，在军队里面担任少校之职...